Tiền thân của Công ty 397 là đội khai thác than số 1 được thành lập tháng 6/1996 trực thuộc Công ty Đông Bắc.

- Ngày 12/4/1997 Giám đốc Công ty Đông Bắc ký Quyết định số 179 QĐ -  ĐB ngày 12 tháng 4 năm 1997 về việc lâm thời thành lập Xí nghiệp  khai thác than 397, khai trường khai thác của đơn vị thuộc via 14.5 Khu vực Đông Nam Đá Mài.

- Ngày 07/02/1998 Bộ trưởng Quốc Phòng ký quyết định số 148/ QĐ - BQP về việc thành lập Xí nghiệp 397 thuộc Công ty Đông Bắc - Tổng cục Công nghiệp Quốc Phòng - Kinh Tế.

- Ngày 24/8/2010 Bộ trưởng Quốc Phòng ký quyết định số 3138/ QĐ - BQP về việc chuyển đổi mô hình từ Xí nghiệp 397 thành Công ty TNHH MTV 397 trực thuộc TCT Đông Bắc - Bộ Quốc Phòng.

- Trong những năm đầu mới thành lập do trữ lượng tài nguyên được giao ít, phân tán, trong đó lại kết hợp khai thác lộ thiên với khai thác hầm lò, quân số ít, thiết bị chưa nhiều, sản lượng hàng nằm chỉ đạt trên 100.000 tấn, thu nhập của người lao động chỉ đạt trên 1.000.000 đ/tháng, đời sống người lao động gặp nhiều khó khăn, thiếu thốn. Từ năm 2002 Công ty được Tổng công ty và tập đoàn Công nghiệp than - Khoáng sản Việt Nam giao cho khai thác khu vực mỏ Bàng Nâu, đây là khu vực mỏ có trữ lượng tài nguyên lớn, được đầu tư trang bị đầy đủ các loại trang thiết bị hiện đại, công suất lớn và tập trung khai thác lộ thiên 100%. Ngay từ khi đi vào sản suất Công ty có nhiều nỗ lực, cố gắng, học hỏi, mạnh dạn áp dụng khoa học kỹ thuật, tiến hành cơ giới hóa nhằm nâng cao năng lực sản xuất than, phấn đấu sản lượng năm sau luôn cao hơn năm trước, từ trên 100.000 tấn khi mới thành lập lên 750.000 tấn/năm, thu nhập người lao động bình quân đạt trên 5.8 triệu đồng/người/tháng.

- Sau khi khu mỏ Bàng Nâu hết diện khai thác, Công ty tiếp tục được tập đoàn than khoáng sản Việt Nam và Tổng công ty Đông Bắc giao quản lý và khai thác khu mỏ Hương Phong với diện tích 10.76 ha và thực hiện nhiệm vụ quản lý và bảo vệ tài nguyên ranh giới mỏ Nam Tràng Bạch với diện tích lên tới 1.009 ha.

- Năm 2014 khu mỏ Hương Phong hết diện khai thác, được sự nhất trí của Tổng công ty Đông Bắc, Công ty đã chuyển trụ sở làm việc và toàn bộ cán bộ, công nhân viên về khu vực Mạo Khê, Đông Triều, Quảng Ninh để triển khai công tác bảo vệ quản lý tài nguyên, ranh giới mỏ Nam Tràng Bạch và thực hiện khai thác tại via 9a, 9b khu Đồi Sắn thuộc phường Mạo Khê , Thị xã Đông Triều, Tỉnh Quảng Ninh.

- Trước đây trực thuộc công ty là các tổ đội sản xuất, do nhu cầu đổi mới của công tác quản lý, tổ chức sản xuất nay Công ty đã sắp xếp lại thành các Công trường, phân xưởng bố trí theo nhiệm vụ sản xuất chính, phục vụ, phụ trợ. Dưới các Công trường, Phân xưởng là các tổ, đội sản xuất. Ngoài ra Công ty còn thành lập  01 đội bảo vệ riêng biệt làm nhiệm vụ quản lý, bảo vệ tài nguyên khu ranh giới mỏ Nam Tràng Bạch.

- Ngày 16/12/2015 Bộ Trưởng Bộ Quốc Phòng ký quyết định số 5247/ QĐ- BQP ngày 16 tháng 12 năm 2015 của Bộ trưởng Bộ Quốc Phòng  về việc Cổ phần hóa Công ty TNHH  một thành viên 397 thuộc Tổng công ty Đông Bắc.

- Ngày 29/12/2017 Bộ Trưởng Bộ Quốc Phòng ký quyết định số 5926/ QĐ- BQP ngày 29 tháng 12 năm 2017 của Bộ trưởng Bộ Quốc Phòng  về  phê duyệt phương án và chuyển Công ty TNHH một thành viên 397 thành công ty cổ phần.

- Ngày 09/04/2018 Công ty cổ phần 397 được cấp giấy phép ĐKKD lần đầu.